Pulang ke Konohagakure, ninja muda itu merayakan kekalahan sekelompok anggota Akatsuki. Naruto Uzumaki dan Sakura Haruno, bagaimanapun, merasa berbeda. Naruto cemburu dengan ucapan selamat dari keluarga rekan-rekannya, mengharapkan kehadiran orang tuanya sendiri. Sakura, di sisi lain, marah pada orang tuanya yang memalukan, dan berharap tidak ada orang tua sama sekali. Keduanya bentrok karena cita-cita mereka yang berlawanan, tetapi dihadapkan pada masalah yang lebih mendesak ketika Madara Uchiha bertopeng tiba-tiba muncul dan membawa mereka ke dunia alternatif.
Di dunia ini, orang tua Sakura dianggap sebagai pahlawan karena mereka memberikan hidup mereka untuk melindungi Konohagakure dari serangan Rubah Ekor Sembilan 10 tahun yang lalu. Akibatnya, orang tua Naruto, Minato Namikaze dan Kushina Uzumaki, masih hidup dan sehat. Tidak dapat kembali ke rumah atau menemukan Madara bertopeng, Naruto dan Sakura tinggal di dunia baru ini dan menikmati perubahan yang selalu mereka dambakan. Semua tampak baik untuk kedua ninja tersebut, sampai ancaman tak terduga muncul yang mendorong Naruto dan Sakura untuk tidak hanya berjuang demi Konohagakure di dunia alternatif, tetapi juga untuk menemukan jalan kembali ke dunia mereka sendiri.
