Bagi Oz Vessalius muda, pewaris Rumah Duke Vessalius, dunia berbahaya yang disebut Abyss tidak lebih dari sebuah cerita rakyat yang digunakan untuk menakut-nakuti anak-anak yang nakal. Namun, ketika upacara kedewasaan Oz diganggu oleh Klan Baskerville yang berniat membuangnya ke jurang maut, pewaris Vessalius menyadari bahwa kehidupan mewahnya yang damai telah berakhir. Sekarang, dia harus menghadapi dunia Abyss dan penghuninya, “Rantai” mengerikan yang keduanya tidak palsu seperti yang dia yakini.
Berdasarkan manga fantasi supernatural dengan judul yang sama, Pandora Heartsmenceritakan kisah perjalanan Oz yang berusia lima belas tahun untuk menemukan makna di balik peristiwa aneh yang menimpa hidupnya. Dibantu oleh Rantai misterius bernama Alice, yang memiliki julukan “Kelinci Hitam Bernoda Darah”, dan anggota organisasi rahasia yang dikenal sebagai “Pandora”, Oz mulai menyadari keberadaannya mungkin memiliki makna lebih dari yang pernah dia bayangkan.
