Seekor ikan mas menyelinap keluar rumah dan mengapung di punggung ubur-ubur. Setelah terjebak dalam toples kaca, dia terhanyut ke pantai di mana dia dibebaskan oleh Sousuke, seorang anak laki-laki berusia lima tahun yang tinggal bersama ibunya Lisa di sebuah rumah di tepi laut sementara ayahnya Koichi bekerja di perahu nelayan. Setelah menyembuhkan luka di jari Sousuke dengan menjilatnya, ikan mas tersebut diberi nama Ponyo oleh teman barunya.
Tanpa sepengetahuan Sousuke, Ponyo sudah memiliki nama dan keluarga. Ayahnya Fujimoto, seorang penyihir yang meninggalkan kemanusiaannya untuk hidup di bawah air, mencari putrinya Brunhilde dengan panik. Saat ditemukan dan ditangkap, Ponyo menolak nama lahirnya dan menyatakan ingin menjadi manusia. Menggunakan kekuatan yang diterima dari darah Sousuke, dia menumbuhkan lengan dan kakinya dan melarikan diri ke permukaan sekali lagi. Namun keajaiban yang dilepaskan ke lautan menyebabkan ketidakseimbangan di alam, menyebabkan Bulan mulai keluar dari orbitnya dan gelombang pasang menjadi semakin kuat dan berbahaya. Bersatu kembali dengan Ponyo, Sousuke harus melewati ujian kuno untuk memulihkan ketertiban di dunia dan membiarkan rekannya hidup sebagai manusia.
Credit: Sket Movie