Saat mereka melanjutkan perjalanan melalui wilayah Johto, Satoshi dan teman-temannya mengunjungi Altomare, sebuah kota pulau yang menjadi tuan rumah acara balap tahunan yang disebut Pokémon Water Race. Sementara Takeshi dan Kasumi bersenang-senang, hal-hal aneh tampaknya terjadi pada Satoshi—dia entah bagaimana kalah dalam perlombaan air, melihat beberapa wanita menyerang seorang gadis dengan Pokémon mereka, dan meskipun mereka menyelamatkannya, gadis itu kemudian menyangkal pernah melihat Satoshi dan Pikachu sebelumnya. !
Untungnya bagi Satoshi, kebingungannya hilang ketika dia mengetahui bahwa gadis yang dia dan Pikachu selamatkan sebelumnya sebenarnya adalah Pokémon bernama Latias, yang suka menyamar sebagai teman manusianya, Kanon. Latias dan Pokémon lainnya, Latios, dikenal sebagai Pokémon Eon, karena mereka menghuni dan menjaga Altomare bersama dengan bola biru mistis yang disebut Soul Dew. Legenda kuno Altomare sangat terkait dengan Pokémon Eon dan Soul Dew, dan terkenal di kalangan penduduk setempat—serta di antara penyerang Latias sebelumnya, saudara perempuan pencuri Zanner dan Lyon. Saat para pencuri berusaha menangkap Pokémon Eon dan Soul Dew, Satoshi terpaksa bertindak untuk menghentikan mereka membawa bencana ke Altomare.
