Berjuang namun cemerlang, Minato Sahashi yang berusia 19 tahun telah gagal dalam ujian masuk perguruan tinggi untuk kedua kalinya, mengakibatkan dia dianggap tidak berharga oleh orang-orang di sekitarnya. Namun, masa depannya yang tampaknya suram berubah secara dramatis ketika seorang wanita cantik supernatural jatuh dari langit dan masuk ke dalam hidupnya. Wanita itu, Musubi, adalah makhluk unik yang dikenal sebagai “Sekirei”, makhluk luar angkasa humanoid dengan kemampuan luar biasa. Alien ini dikenal suka mencium manusia yang membawa gen Ashikabi untuk membangkitkan kekuatan laten tambahan jauh di dalam.
Menyadari potensi dalam pemuda yang tampaknya tidak signifikan, Musubi mencium Minato yang kebingungan, memulai ikatan di antara mereka berdua. Ini menyeretnya ke dunia berisiko tinggi Sekirei, di mana dia dan rekan barunya harus bersaing dengan yang lain dalam pertempuran untuk bertahan hidup yang disebut “Rencana Sekirei”. Namun, tanpa sepengetahuan para kontestan, ada risiko yang jauh lebih besar dari apa yang awalnya ditimbulkan oleh kompetisi tersebut.
