Akademi Militer Kerajaan Barsburg terkenal dengan pelatihan para elit yang membawa kemenangan bagi kekaisaran. Siswa akademi dengan bebas menggunakan kemampuan yang disebut “Zaiphon” untuk bertarung, sedangkan jenis Zaiphon yang dapat digunakan bergantung pada sifat prajuritnya.
Teito Klein, seorang siswa di akademi, adalah salah satu tentara paling menjanjikan yang dihasilkan. Meskipun diejek oleh semua orang karena menjadi seorang sklave (bahasa Jerman untuk budak) yang tidak memiliki kenangan masa lalunya, dia berteman dengan sesama siswa bernama Mikage. Saat mempersiapkan ujian akhir, Teito mengungkap rahasia kelam terkait masa lalunya. Ketika upaya untuk membunuh Ayanami, seorang pejabat tinggi yang membunuh ayahnya, gagal, Teito dikurung menunggu hukuman.
Hanya menginginkan yang terbaik untuk Teito, Mikage membantunya melarikan diri. Teito berakhir di Gereja Distrik ke-7 di mana dia diterima oleh para uskup. Di sinilah Teito berusaha menghindari cengkeraman Ayanami dan Militer, sehingga ia dapat menemukan kembali ingatannya dan mengetahui mengapa ia adalah orang yang dapat mengubah nasib dunia.
