Setelah mendapatkan ikat kepala Nomor Satu, yang menyatakan dirinya sebagai pejuang terbaik, Afro menghabiskan sebagian besar hari-harinya dengan damai, meskipun malam-malamnya yang dipenuhi mimpi buruk tidak begitu tenang. Hidupnya berubah menjadi kekacauan sekali lagi ketika Jinno dan Sio, mantan teman lamanya, mengambil ikat kepala darinya, serta sisa-sisa ayahnya. Ditantang oleh Sio untuk mengenakan ikat kepala Nomor Dua lagi dan membalas dendam atas tindakan mereka, Afro memulai perjalanan lain sebagai pemakai ikat kepala tersebut—sebuah benda yang membuat siapa pun akan membunuhnya.
Afro Samurai: Resurrection mengikuti Afro saat dia bertarung dalam seri kedua pertempuran melawan segala macam musuh, mengarungi lautan mayat di belakangnya sehingga dia dapat sekali lagi memuaskan dahaga balas dendamnya yang tiada akhir.
