Kelompok privateer yang dikenal sebagai Blue Steel melanjutkan misi mereka untuk mengirimkan cetak biru Vibration Warhead Torpedo—senjata yang dapat membalikkan keadaan perang demi keuntungan mereka—ke Amerika Serikat. Namun, ancaman baru muncul dari musuh mereka, Armada Kabut yang sangat banyak dalam bentuk “Dewan Siswa.” Ini adalah sekelompok kapal perang yang terdiri dari Model Mental yang tersisa—avatar humanoid kapal—yang belum menghadapinya. kapten Baja Biru yang tak terduga, Gunzou Chihaya.
Saat Blue Steel semakin memahami asal muasal otoritas yang mengendalikan musuh, masa lalu Iona mulai mengungkap alasan perang dimulai dan alasannya berpihak pada kemanusiaan.
