Pada tahun 2039, dampak pemanasan global yang drastis menyebabkan permukaan air laut naik dan mengakibatkan hilangnya banyak lahan. Untuk memastikan umat manusia mengambil pelajaran dari pengalamannya, armada kapal perang kuat yang dilengkapi dengan persenjataan canggih muncul, menyebabkan kekalahan telak bagi angkatan laut di seluruh dunia. Menyebut diri mereka Armada Kabut, setiap kapal memiliki “Model Mental”, sebuah avatar humanoid yang mewakili jantung kapal, “Union Core” -nya. Masing-masing model memiliki kepribadian yang berbeda tetapi semuanya mengikuti otoritas tak dikenal yang dikenal sebagai Admiralty Code, yang telah menerapkan blokade untuk mencegah manusia melakukan perjalanan melintasi lautan.
Tujuh belas tahun setelah blokade, Gunzou Chihaya, alumni Akademi Kelautan Nasional, menemukan I-401 dan Model Mentalnya, Iona, yang memihak umat manusia karena alasan yang tidak diketahui. Memanfaatkan harapan baru untuk mencapai perdamaian bagi umat manusia, Gunzou dan teman-temannya membentuk sekelompok privateer, yang dikenal sebagai Blue Steel, saat mereka memulai perjalanan berbahaya.
