Setelah bergabung dengan perlawanan terhadap bakufu, Gintoki dan geng bersembunyi, bersama dengan Katsura dan pemberontak Joui-nya. Yorozuya segera didekati oleh Nobume Imai dan dua anggota Kiheitai, yang menjelaskan bahwa bajak laut Harusame telah berbalik melawan Kapten Divisi 7 Kamui dan mantan sekutu mereka Takasugi. Kiheitai memberi Gintoki pekerjaan: temukan Takasugi, yang telah hilang sejak kapalnya disergap dalam serangan Harusame. Nobume juga membuat wahyu yang menakjubkan tentang Tendoushuu, sebuah organisasi rahasia yang menarik berbagai faksi, dan pemimpin mereka Utsuro, sosok bayangan dengan kemiripan luar biasa dengan mantan guru Gintoki.
Menumpang di kapal luar angkasa Sakamoto, Yorozuya dan Katsura berangkat ke Rakuyou, planet asal Kagura, tempat berbagai faksi berkumpul dan ketegangan meningkat. Dendam lama, pertikaian politik, dan rencana menyeluruh Tendoushuu yang jahat akhirnya memuncak menjadi pertempuran besar-besaran dan menentukan di Rakuyou.
