Setelah Makoto Naegi dan rekan-rekannya yang selamat melarikan diri dari Hope’s Peak Academy ke dunia luar, mereka segera bergabung dengan Future Foundation, sebuah organisasi yang didedikasikan untuk memerangi keputusasaan. Tepat ketika semua tampak melihat ke atas, Naegi ditangkap dan diadili karena pengkhianatan karena membela kelompok jahat Sisa Keputusasaan. Berdiri di depan semua eksekutif Future Foundation, dia menemukan dirinya, bersama dengan Kyouko Kirigiri dan Aoi Asahina, menghadapi takdir yang tidak diketahui.
Masalah yang dihadapi hanya meningkat ketika keamanan organisasi yang seharusnya tidak dapat ditembus diretas oleh wajah yang dikenalnya: Monokuma. Yang membuat Naegi ngeri, beruang mekanik itu segera mengumumkan dimulainya permainan pembunuhan baru, karena beberapa saat kemudian, korban pertama muncul sebagai sinyal keputusasaan untuk melanjutkan penaklukan brutalnya.
Naegi, Siswa Beruntung Tingkat Sekolah Menengah Atas, sekali lagi harus mengungkap misteri saat rekan dan teman-temannya mulai jatuh di sekelilingnya. Namun, tidak ada lagi uji coba kelas; di antara 16 peserta yang putus asa, hanya ada satu pembunuh—dan kematian mereka berarti akhir dari permainan neraka ini.
Credit: Akatetsu