Future Foundation berantakan setelah Final Killing Game dan terungkapnya pelaku sebenarnya. Ketika plot putus asa muncul dari salah satu yang selamat untuk menyingkirkan dunia keputusasaan untuk selamanya, anggota Future Foundation yang tersisa harus bersatu untuk menghentikan kekejaman ini terjadi. Untungnya, mereka menemukan diri mereka dengan bantuan dari sekelompok sekutu yang tidak terduga saat mereka berpacu dengan waktu untuk menghentikan perubahan dunia mereka.
Di akhir alur cerita Puncak Harapan dari seri Danganronpa ini, para pemain dalam game kematian tanpa akhir ini mulai memahami arti sebenarnya di balik keputusasaan, harapan, dan penebusan.