Makoto Naegi, seorang remaja tanpa bakat luar biasa, terkejut mengetahui bahwa dia telah diterima di Hope’s Peak Private Academy: sebuah sekolah elit yang mengumpulkan siswa-siswa terbaik dari berbagai bidang. Meskipun percaya bahwa penerimaannya hanya kebetulan, Naegi dengan senang hati menghadiri sebuah institusi yang dikenal memastikan kesuksesan bagi mereka yang lulus. Bertekad, dia memasuki pintu depan akademi bergengsi.
Namun, setelah kehilangan kesadaran di dalam, Naegi terbangun di ruang kelas yang tampaknya terbengkalai. Gagal memahami bagaimana dia sampai di sana, Naegi mulai menjelajah, dan yang mengejutkan, menemukan teman-teman sekelasnya berkumpul di gym. Sementara semua orang mencoba mencari tahu apa yang terjadi, mereka dihadang oleh kepala sekolah—Monokuma, robot boneka beruang. Mainan misterius menjelaskan bahwa mahasiswa baru terjebak di dalam sekolah dengan hanya satu cara untuk melarikan diri membunuh teman sekelas tanpa ditemukan.
Ketegangan memenuhi udara saat Naegi dan teman-teman sekelasnya menyadari bahwa mereka dihadapkan pada dua pilihan: berpartisipasi dalam permainan pembunuhan Monokuma, atau tinggal bersama di sekolah selama sisa hidup mereka.
