Suatu malam, Institut Mikroorganisme Nasional Tokyo diserang oleh organisasi misterius yang menyebut diri mereka “Kucing Siam Merah”. Kelompok tersebut menyebabkan ledakan laboratorium dengan keamanan tinggi yang menyimpan virus – dikatakan memiliki tingkat kematian 80% tanpa obat yang diketahui. Aksi teror ini mendominasi berita utama, membayangi peluncuran pesawat terbesar di dunia yang dikembangkan di bawah Jirokichi Suzuki. Anehnya, pembukaan itu memiliki catatan yang dilampirkan untuk Kaito “Kaitou Kid” Kuroba, menantangnya untuk mencuri permata yang dipamerkan – Lady Sky yang termasyhur.
Conan Edogawa diizinkan naik pesawat bersama dengan Kogorou Mouri, Ran Mouri, Sonoko Suzuki, Professor Agasa, dan Detective Boys. Namun, kesenangan mereka terhenti ketika penelepon tak dikenal menghubungi Jirokichi dan menyatakan bahwa mereka telah melepaskan virus tertentu di ruang merokok. Segera setelah itu, gejala mulai muncul di antara penumpang dan kekacauan pun terjadi. Memanfaatkan kesempatan tersebut, Kucing Siam Merah tiba-tiba muncul dan membajak pesawat tersebut!
Untuk menghentikan para penyerang, Conan dan Kaitou Kid, bersama dengan sekutu mereka, harus bekerja sama untuk memecahkan petunjuk dan menemukan tujuan sebenarnya dari Kucing Siam Merah sebelum waktu habis.
