Di malam yang gelap, polisi Jepang digerebek oleh seorang mata-mata. Badan intelijen negara yang berbeda — seperti MI6 Inggris, BND Jerman, dan CIA Amerika — serta file rahasia FBI akan diambil, tetapi petugas keamanan publik yang dipimpin oleh Tooru Amuro tiba tepat pada waktunya. Mata-mata itu mencuri mobil dan kabur. Mata-mata dan Amuro kemudian terkunci dalam panas mati di jalan raya, dan saat itu akan menyebabkan kecelakaan dengan banyak mobil, mobil mata-mata itu terkena peluru senapan agen FBI Shuichi Akai dan jatuh di jalan raya.
Keesokan harinya, Conan dan teman-temannya pergi ke akuarium yang baru direnovasi di Tokyo. Di bawah atraksi utama, bianglala, Conan menemukan seorang wanita yang menarik sendirian dan terluka. Warna mata kiri dan kanannya berbeda.
Namun wanita tersebut dalam keadaan amnesia dimana dia bahkan tidak ingat namanya sendiri, dan ponsel yang dibawanya rusak. Conan dan teman-temannya berjanji untuk membantunya mendapatkan kembali ingatannya, jadi mereka tinggal bersamanya.
Sepanjang semua ini, Vermouth mengawasi di balik layar. Setelah itu, dia mengeluarkan peredam dan berbicara melalui interkom yang terpasang, “Ini seperti yang direncanakan, Gin.”
