Setelah mengatasi berbagai peristiwa yang penuh gejolak, sersan tentara bayaran Sousuke Sagara dari Mithril dan gadis sekolah “Berbisik” Kaname Chidori kembali ke kehidupan sekolah normal mereka. Sousuke melanjutkan upayanya untuk berasimilasi dengan penduduk sipil dan mengelola misinya pada saat yang sama, sementara Kaname berupaya untuk mendukung usahanya (walaupun kejenakaannya sering kali membuat Sousuke putus asa).
Namun, saat kehidupan mereka tenang, masalah baru mulai bermunculan. Munculnya organisasi teroris independen yang dikenal sebagai Amalgam dan konflik internal di dalam Mithril mengancam persatuan menjadi serangkaian kegagalan dan pengkhianatan. Dan model Arm Slave yang baru dan kuat hanya memperburuk situasi ketika perdamaian dunia dipertaruhkan.
Saat Kaname dan Sousuke menghadapi pertarungan batin mereka sendiri di tengah pertarungan yang mengancam nyawa, akankah mereka mampu membuat pilihan yang tepat dan mengubah masa depan mereka?
Prequel: Full Metal Panic!
