Saat itu tahun 1983, dan Hinamizawa dikarantina. Virus misterius dan mematikan telah ditemukan di desa kecil tersebut, dan penduduknya—seperti remaja Keiichi Maebara dan teman-temannya Mion Sonozaki dan Rena Ryuuguu—dibiarkan bingung dan ketakutan oleh situasi tersebut.
Saat penduduk desa mulai mencari cara untuk menghentikan penyebaran penyakit, beberapa membuat rencana drastis, yang membuat Keiichi dan teman-temannya mencari cara untuk melarikan diri dari desa. Tetapi ketika ketegangan mencapai titik tertinggi sepanjang masa, beberapa dari kelompoknya mungkin tidak akan selamat saat mereka berjuang untuk hidup mereka melawan musuh baik yang terlihat maupun yang tidak terlihat.
