Dua puluh dua tahun putus sekolah Tatsuhiro Satou telah menjadi hikikomori selama hampir empat tahun sekarang. Dalam keterasingannya, dia menjadi percaya pada banyak teori konspirasi yang tidak jelas, tetapi ada satu yang secara khusus dia yakini dengan teguh: teori bahwa konspirator jahat di balik status NEET (Not in Employment, Education or Training) yang tertutup adalah Nihon Hikikomori Kyokai (NHK)—sebuah organisasi jahat dan rahasia yang didedikasikan untuk mendorong penyebaran budaya hikikomori.
NHK ni Youkoso!adalah drama psikologis yang mengikuti Tatsuhiro saat dia berusaha untuk melarikan diri dari intrik jahat NHK dan penyakit isolasi yang dibuat sendiri, sambil berjuang bahkan untuk meninggalkan apartemennya dan mencari pekerjaan. Pertemuannya yang tak terduga dengan Misaki Nakahara yang misterius mungkin menandakan pembalikan keberuntungan bagi Tatsuhiro, tetapi dengan pertemuan ini muncul biaya yang tak terelakkan karena harus menghadapi ketakutan terbesarnya — masyarakat.