Bahtera Nuh—teknologi VR terbaru dan tonggak sejarah inovasi manusia—ditetapkan untuk dipamerkan kepada anak-anak istimewa Jepang. Mereka mendapat kehormatan untuk memulai revolusi baru dalam game; Namun, kesenangan riang mereka terputus ketika seorang karyawan perusahaan ditemukan terbunuh, dengan pesan kematiannya menunjuk ke petunjuk yang tersembunyi di dalam Bahtera.
Bersama dengan Detektif Boys dan Ran Mouri, Conan Edogawa memasuki Bahtera Nuh untuk memecahkan misteri ini dan memastikan pelaku tertangkap. Tapi begitu mereka berada di dalam Tabut, ia memiliki pikirannya sendiri, memenjarakan mereka dan anak-anak di dalam dunianya. Untuk melarikan diri dan membawa pembunuhnya ke pengadilan, Conan dan kawan-kawan harus menavigasi London abad ke-19 yang disimulasikan dan melacak Jack the Ripper yang terkenal — dengan nyawa 50 anak tak berdosa bergantung pada mereka.
