Natsume Yuujinchou San mengikuti Takashi Natsume, seorang anak laki-laki yang mampu melihat youkai. Natsume dan pengawalnya Madara, yang dijuluki Nyanko-sensei, melanjutkan pencarian mereka untuk melepaskan youkai dari kontrak mereka di “Book of Friends.”
Natsume menyadari kemampuannya melihat youkai dan berhenti menganggapnya sebagai kutukan. Saat dia menghabiskan lebih banyak waktu dengan teman manusia dan youkainya, dia menyadari betapa dia menghargai mereka berdua dan memutuskan dia tidak harus memilih antara dunia roh dan dunia manusia untuk bahagia.
