Ren Amamiya, siswa pindahan baru di Akademi Shujin, dikirim ke Tokyo untuk tinggal bersama teman keluarganya Sojiro Sakura setelah salah dimasukkan dalam masa percobaan karena membela seorang wanita dari kekerasan seksual. Saat dalam perjalanan untuk menghadiri hari pertamanya di sekolah barunya, Ren melihat aplikasi aneh muncul di ponselnya, memindahkannya ke dunia yang dikenal sebagai Metaverse, yang berisi “bayangan” manusia: penggambaran diri mereka yang sebenarnya terdistorsi. Di Metaverse, dia membangunkan Persona-nya, kekuatan dari dalam yang memberinya kekuatan untuk melawan bayangan. Dengan bantuan siswa yang mengalami masalah serupa, dia membentuk Phantom Thieves of Hearts, berusaha menyelamatkan orang dari keinginan berdosa mereka dengan “mengambil hati mereka”, membuat pelaku kejahatan menyesali tindakan mereka dan membuka lembaran baru. Reputasi grup ini terus tumbuh secara eksplosif, membawa ketenaran baik positif maupun negatif.
Namun, saat puncak popularitas mereka, Ren ditangkap dan ditahan. Di sini, dia terbangun dan menghadapi interogasi yang keras, namun hal ini terhenti oleh kedatangan Sae Niijima—seorang jaksa yang mencari jawaban. Bagaimana reaksinya terhadap ceritanya, dan apa yang akan terjadi dengan Pencuri Phantom?
