Di pegunungan Fiore utara terdapat Desa Api, tempat relik berwarna biru subur yang dikenal sebagai Batu Phoenix dilestarikan. Dipercayakan kepada seorang wanita misterius bernama Éclair, dikatakan mengandung kekuatan phoenix kuno. Dia mengembara di tanah sendirian dan melindungi batu itu dari bahaya, meskipun tidak memiliki ingatan mengapa itu ditinggalkan dalam perawatannya dan hanya sedikit ingatan di mana dia harus mengambilnya.
Setelah bertemu dengan guild penyihir Fairy Tail, Éclair menerima tawaran dari Natsu Dragneel dan teman-temannya untuk membantunya mengungkap misteri seputar batu tersebut. Namun, di tengah perjalanan rombongan, Éclair tiba-tiba diserang dan batu itu diambil darinya. Dengan ini, niat jahat untuk menghidupkan kembali phoenix yang menyala-nyala karena kekuatannya yang tak tertandingi terungkap, dan para penyihir Fairy Tail menemukan diri mereka dalam situasi yang dapat menimbulkan bencana. Mereka sekarang harus bekerja sama untuk mencegah kebangkitan phoenix dan menyelamatkan dunia dari kehancuran.
